Reeds in 1304 stond op de huidige locatie van de Trinitatiskapel een kapel die behoorde tot het Blindenliedengasthuis. Deze instelling bood onderdak en voedsel aan blinden, die door hun beperking niet in staat waren om te werken.
Vanaf 1629 kreeg de oude kapel een andere functie: zij werd gebruikt voor de opslag van stadsturf en fungeerde tevens als stadskisthuis.
Na 1680 vestigden zich veel Duitse kooplieden in Dordrecht, het aantal Lutheranen in de stad nam daardoor aanzienlijk toe. Frederik Mühlhoff, eigenaar van suikerraffinaderij De Ossekop, diende bij het stadsbestuur een verzoek in voor de beschikbaarstelling van een kerkgebouw ten behoeve van de Lutherse gemeente. De gemeente ging, vooral vanuit economische overwegingen, akkoord. De voormalige kapel werd gekozen omdat deze zonder al te hoge kosten kon worden ingericht als kerk. Op 5 maart 1690 werd het gebouw officieel in gebruik genomen als Lutherse kerk, tijdens een inwijdingsdienst geleid door dominee P. Wesseling uit Amsterdam.
<p”>In 1689 schonk de stad Dordrecht drie gebrandschilderde ramen voor de voorgevel van de kerk, vervaardigd door glazenier Evert van Wel. In 1823 verkeerde het dak in slechte staat en was het orgel beschadigd. Dankzij een persoonlijke bijdrage van Koning Willem I, ter waarde van fl. 2.000,–, kon het dak worden hersteld. Tijdens een restauratie in 1856 werden de gevel vernieuwd en zowel de pastorie (rijksmonument nr. 13948) als een achterhuisje met toegang tot het orgel toegevoegd.
Pas in 1978 kreeg de kerk officieel de naam Trinitatiskapel, kapel van de Heilige Drie-eenheid.
De Trinitatiskapel is één van de oudste nog bestaande kerkgebouwen in Dordrecht. Sinds het einde van de 17e eeuw is de Lutherse gemeente hier gevestigd. Tegenwoordig wordt de kapel ook gebruikt door andere kerkgenootschappen, waarmee het gebouw een breder religieus karakter heeft gekregen.
Op 24 februari 2017 werd de Protestantse Stichting tot Behoud en Beheer van de Trinitatiskapel te Dordrecht opgericht. De stichting heeft als doel het behoud van de Trinitatiskapel als cultureel erfgoed en als monument van betekenis voor de stad Dordrecht. Tevens zet zij zich in voor het behoud van de kapel als gebedshuis voor kerkelijke instellingen.
Door het beheren van de exploitatie van het gebouw en het actief werven van financiële middelen, werkt de stichting aan het duurzaam realiseren van deze doelstellingen.
De stichting kan uw steun goed gebruiken. U draagt bij aan het behoud van de Trinitatiskapel, als monument én gebedshuis, met een financiële bijdrage. Ook een bezoek aan de kapel is van waarde: uw aanwezigheid onderstreept het belang van dit unieke erfgoed in het hart van Dordrecht.