Al in 1304 stond op de plek van een Trinitatiskapel een kapel die bij een Gasthuis hoorden, het blindenliedengasthuis. Blinde mensen konden niet werken en kregen hier onderdak en eten.
Vanaf 1629 werd de oude kapel gebruikt voor het opbergen van stadsturf en diende het tevens als stadskisthuis.
Na 1680 kwamen veel Duitse kooplieden in de stad wonen, het aantal Lutheranen in Dordrecht nam daardoor sterk toe. Frederik Mühlhoff, de eigenaar van de suikerraffinaderij de Ossekop, verzocht het gemeentebestuur om een kerkgebouw voor de Lutherse gemeente. De gemeente stemde, voornamelijk uit economische motieven, toe. De Trinitatiskapel werd verkozen omdat die zonder grote kosten als kerk kon worden ingericht, op 5 maart 1690 wordt de kerk door P. Wesseling, predikant te Amsterdam, ingewijd. De stad Dordrecht schonk in 1689 ook nog drie gebrandschilderde glazen in de voorgevel, vervaardigd door de glazenier Evert van Wel. In 1823 was het dak bouwvallig en het orgel beschadigd, met een persoonlijke subsidie van Z.M. koning Willem I van fl. 2.000,00 werd het dak gerepareerd. Bij de restauratie van de kerk in 1856 werd de gevel hersteld en de pastorie (rijksmonument nr 13948) en achterhuisje met opgang naar het orgel toegevoegd. Pas in 1978 kreeg de kerk de naam Trinitatiskapel, kapel van de Heilige Drie-eenheid.